明教一直以來都是武林中備受爭議的存在，有時被視為正派道場，有時又被貼上邪魔外道的標簽。這種爭議的根源在于明教的信仰以及其對待其他門派的態度。然而，在張三豐成為正道掌門之后，他并沒有展開對明教的徹底清除行動，這引發了人們的疑惑。

首先，明教在黃裳征伐明教之時，武林中的其他門派和明教教眾一起對抗黃裳，這顯示出明教在某種程度上與正道有著共同的敵人。這使得一些人認為明教在抗元時期是抗元的伙伴，與正道的利益是一致的。陽頂天作為明教教主的代表，也參與了抗元的戰斗，這讓張三豐放棄對他的追殺看起來有一定的合理性。

其次，陽頂天作為明教教主的領導者，在某種程度上表現出了一些正派人士的品質。他不是一個仗勢欺人的人，而是注重信用，對韓千葉表示愿意以韓提出的方式進行決斗。這種正直的態度使得一些正道人士對他不再將其視為邪惡的象征。

此外，明教與朝廷對抗，與六大門派也都是抗元的，但是由于私人恩怨的原因，門派們先與明教開戰。這些武林門派看不清形勢，但在張三豐看來就是分不清主次，因此不對陽頂天出手，也是因為有共同的目標，對抗朝廷。

最重要的是，陽頂天為武林除去了一個大魔頭——百損道人。張三豐曾感慨「我只知三十年前百損道人已死」，說明百損道人不是張三豐所殺，而陽頂天也是抗元的，最痛恨朝廷走狗，他對百損道人出手很有可能，甚至可能因此受了內傷，以至于撞見成昆和陽夫人幽會，才會走火入魔。

因此，張三豐可能會對他持有一定的寬容和理解。

這些因素加在一起，解釋了為何張三豐沒有清除陽頂天。